第3集：佛罗伦萨陷入危机 达芬奇征用卫兵号

达芬奇假扮利拉奥伯爵征用卫兵号，船长担心利拉奥伯爵对自己不利就同意启航。这时候阿方索伯爵来到，达芬奇不知道的是阿方索和利拉奥伯爵是好朋友揭穿达芬奇，达芬奇无法力敌跳下船，临跳之际把一把匕首扔进关了人的牢笼中。

洛伦佐重新掌管佛罗伦萨，雅可波·帕奇被暴民杀死，弗兰切斯科·帕奇和奥尔西尼主教被绞杀，教皇听到消息却反常的高兴不已，因为教皇认为他们绞死了上帝的奴仆主教有机会可以反击，把佛罗伦萨城所有的男男女女都开除了教籍。这一举动，无疑是断绝了众城市对佛罗伦萨的贸易往来，如此一来佛罗伦萨很可能就会成为联盟的牺牲品，重伤未愈的洛伦佐没有办法决定秘密前往那不勒斯直接去见费兰特国王及朝臣，克拉丽丝全权处理佛罗伦萨的一切政务。

达芬奇唯一的希望就是卫兵号，达芬奇想要释放船上所有的奴隶，利用奴隶的暴乱他们就可以成功夺下船只。达芬奇想尽办法能设计出一只船只可以飞快行驶追上利拉奥的船。达芬奇从鱼中获得灵感制造出一个原始的潜水艇前去追赶卫兵号，可是潜水艇有点轻微渗水。经过重重困难，达芬奇终于成功登上卫兵号，释放出奴隶，可这同时也就得罪了那不勒斯，达芬奇开始前往新世界的旅程。

卢奎西娅劫持梵蒂冈密卷的保管人告诉他在圣天使城堡中教皇囚禁着一个对他来说至关重要的人。主教在地牢中找到了弗兰切斯科·德拉·罗维里，这个人才是真正的教皇，这一下震惊了主教，原来趁着弗兰切斯科当上教皇的时候，一个跟他一模一样的亚历桑德罗狸猫换太子提他当上教皇。原来，卢奎西娅是真教皇的亲生女儿，这也是她为什么会被控制当间谍的原因。