第2集：玻利维亚的大屠杀

约拿入住蒙特莱昂酒店，刚洗完澡便发现酒店房间有动静，于是仓促将一份高级海军机密文件塞到床垫底下，然后到阳台查看，结果被人杀死在那里。道恩他们赶去现场调查时，只看到空的机密文件袋，而约拿则被人割了舌头，房间里一片凌乱。

塞巴斯蒂安做弹道分析时，得知凶手用的子弹，是属于北约成员专用子弹，而他也查出子弹属于海豹突击队中的影子分队使用的。洛蕾塔查到，约拿是胃溃疡患者，遵医嘱应该吃清淡的食物，而她则在约拿的胃里发现的全是刺激性的食物。洛蕾塔对比约拿在酒店吃饭的餐单，发现他并没有点辣的食物，所以她认为只要找到那个食物的来源，就能知道约拿报道的事件。

塞巴斯蒂安看了约拿之前的报道，认为他一定是掌握了什么想要说出来，而被人谋杀的。布罗迪根据约拿吃了三天的食物，去找老板埃德加了解约拿的事情，可埃德加并不肯承认他认识约拿。布罗迪跟埃德加纠缠了很久，才让他埃德加说起了玻利维亚SAN MARTEL的大屠杀事件，直指约拿想要报道的就是海豹突击队员有人收了钱，杀死了他们的领导，并割掉了他们的舌头。

布罗迪质问埃德加，想知道谁能证明他所说的话，埃德加于是把崔维斯的名字告诉布兰迪。道恩去找了崔维斯，从他那里拿到了一些照片，证实了埃德加的说法，而那些照片也是约拿想办法拿到的，只是崔维斯没办法透露照片的来源途径。

就在道恩他们排查影子分队里最有嫌疑的人员之时，格拉涅尔被人用与约拿同样的方式杀死了，而这一次NCIS在格拉涅尔的车上找到了瑞安的毛发。经瑞安太太提供的线索，得知瑞安在国家公园附近出现，克里斯托弗便带着索妮亚前去，结果在丛林里发现瑞安之时，遭到他的反抗，他们两人都受了一些轻伤，让瑞安逃跑了。

瑞安的妻子得知了瑞安的事情，她无论如何也不能相信NCIS对瑞安的指控，在她认为瑞安是一个绝对崇尚荣誉的人，宁死也不可能被指控是杀人狂魔。就在瑞安妻子对瑞安的指控产生质疑时，洛蕾塔也有新的发现，证实瑞安并不是杀死格拉涅尔的人，而就在此时塞巴斯蒂安发现，那些证明海豹突击队员参与大屠杀的照片是伪造的。

巴顿正在研究照片的时候，发现他们的文件正在被删除，这才知道有人入侵了他们的电脑，他只能马上追踪对方的IP，让道恩前去抓人。道恩按照巴顿提供的地址，抓住的正是崔维斯，可崔维斯却自称他是CIA的人员，什么也不肯告诉道恩他们。

塞巴斯蒂安在真实的照片中，发现了一个指纹，在系统扫描后发现，指纹是属于埃德加的，他才是那个真正的屠杀者。找出了真相，道恩马上联系克里斯托弗，让他把真相告诉逃亡的瑞安，瑞安这才把他们在保护行动犯的错说出来。瑞安因为做错的事，不肯跟克里斯托弗他们回去，克里斯托弗于是给瑞安一个将功补过的机会，让他亲手抓住埃德加，弥补他失去的荣誉。